六聯式薄膜過濾器的使用首頁要將濾膜及過濾器支架或將過濾器座、漏斗和漏斗蓋在使用前采用121℃高壓滅菌30分鐘。
1、打開預先滅菌的過濾器支架或將過濾器座、漏斗和漏斗蓋在沸水中浸沒一分鐘作消毒。若沒有沸水，用95%酒精噴灑于漏斗和漏斗蓋，然后將其點燃，在火熄滅以后，讓過濾器冷卻至40℃以下，如果必須使用酒精，漏斗必須用耐火材料制造。
2、用水煮過或火焰滅菌鉗子，將無菌過濾器的底座部分安裝于過濾燒瓶或真空管道上。
3、用火燒過的鑷子放一張無菌薄膜在過濾器底座上，根據測試目的，使用特定的過濾膜：總菌數/大腸桿菌數：0.45um薄膜，酵母菌和霉菌：0.80um薄膜。
4、用水煮過或火焰滅菌鉗子，將過濾器漏斗和漏斗蓋放置于底座上。如漏斗蓋帶有管口，則在管口處裝上過濾器，或予以封住。待過濾器的溫度低于40℃后才可加樣品。
5、重復以上步驟，直到所有樣品都完成過濾。
6、將樣品直接倒入消毒和冷卻的過濾器漏斗中。蓋上過濾器漏斗的蓋子。若使用勺，須將勺放在95%的酒精的燒杯中。
7、打開真空泵，使樣品通過薄膜。打開裝有PH7.0無菌氯化鈉-蛋白胨緩沖液的玻璃瓶，先用火燒螺紋處，然后倒入約20毫升PH7.0無菌氯化鈉-蛋白胨緩沖液于過濾漏斗內，進行沖洗。施加真空，使PH7.0無菌氯化鈉-蛋白胨緩沖液通過薄膜。在過濾完樣品或PH7.0無菌氯化鈉-蛋白胨緩沖液后，不要讓真空施加時間連續超過30秒以上。
8、用火焰滅菌鉗子從過濾器底座上取下薄膜。輕微提起裝有吸收墊和培養基的培養皿的蓋子，并放下薄膜，直到鑷子相對側的薄膜邊靠到吸收墊邊為止。將薄膜貼在吸收墊上滾動，以排除氣泡。蓋上蓋子，在工作臺上輕輕拍打培養皿，以驅除薄膜下面的氣泡。
